شبیه سازی دینامیک ملکولی در بسیاری از زمینه های علمی کاربرد دارد. در زمینه زیست شناسی از این لحاظ که تحرکات یک پروتئین را در واحد زمان بتوانیم بررسی کنیم ارزشمند است. مبنای برای محاسبه انرژی بین ذرات در یک محاسبه کامپیوتری است. جهت انجام ان نیاز به نرم افزارهای وجود دارد.

نرم افزارهای موجود

نرم افزارهای بدونه محدودیت شامل

CP2K, GROMACS, LAMMPS, OpenMM, PLUMED

نرم افزارها داری محدودیت

Abalone, AMBER, CHARMM, CPMD, Desmond, GROMOS, NAMD